Durante siglos, un mutante llamado Apocalipsis ha sido la criatura más poderosa del mundo y considerado un Dios por las diferentes civilizaciones que han vivido a su sombra mientras acumulaba poderes que recibía de otros mutantes. Tras miles de años dormido, Apocalipsis vuelve a la vida y se encuentra inmerso en un nuevo mundo donde los humanos se han hecho con el control y muchos mutantes deben vivir escondidos. Ante esta situación, Apocalipsis planea unirse a Magneto y otros miembros de su equipo para destruir a la humanidad y recuperar el poder sobre el planeta.  El Profesor X, con la ayuda de Mística y un equipo de jóvenes mutantes, tratará de detenerlos.