Mucho antes de que el Profesor Xavier abriera su escuela para jóvenes mutantes, conoció a un chico con grandes poderes para dominar el metal: Erik Lehnsherr, quien acabaría siendo su mayor enemigo, Magneto. Sin embargo, al conocerse, Charles Xavier y Erik se hicieron amigos y tenían un objetivo común, acabar con la guerra que quería provocar un mutante llamado Sebastian Shaw. Para ello tratarán de reunir y entrenar a un grupo de mutantes con distintos poderes.