Tras un accidente, en el que un niño se infecta con una especie de virus de origen desconocido, el gobierno trata de ocultar la infección que parece haber alcanzado a más gente. Los agentes del FBI Mulder y Scully, especializados en investigar este tipo de casos a través de su departamento conocido como Expedientes X, son apartados de su trabajo, pero seguirán investigando el incidente para descubrir cuál es el verdadero origen del virus y quién está conspirando para ocultarlo.