Los jóvenes religiosos Francisco Garrpe y Sebastião Rodrigues son dos jesuitas que viajan a Japón, a mediados del siglo XVII, en busca del padre Cristóvão Ferreira. Pero tras una brutal persecución y tortura, el que fue su mentor ha perdido la fe. La llegada de sus dos discípulos, quienes llegan con la intención de propagar el cristianismo, despertará la hostilidad de los habitantes del lugar.