Tras la muerte de su abuelo, Jacob, un adolescente tímido y con una imaginación desbordante, convence a su padre para viajar a Gales con la intención de encontrar la vieja mansión convertida en el hogar Miss Peregrine para niños peculiares, un lugar del que su abuelo solía contar historias. Pero Jacob no sabe que un grave peligro acecha intentando llegar hasta los pequeños con poderes especiales que viven escondidos en esta casa.